Tinggal di daerah kumuh kota yang makmur, Rudo dan ayah angkatnya, Regto, berusaha hidup berdampingan dengan penduduk kota lainnya. Namun, Rudo membenci pemborosan yang dilakukan kelas atas. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo secara teratur mengais-ngais sampah kota untuk mencari barang-barang yang berguna atau berharga untuk diselamatkan dari “Abyss”—sebuah lubang besar tempat segala sesuatu yang dianggap sampah dibuang, termasuk manusia. Ayah kandung Rudo adalah salah satunya, yang dilemparkan ke Abyss setelah dituduh melakukan pembunuhan.
Suatu hari, setelah bertemu sosok misterius dalam perjalanan pulang, Rudo kembali dan menemukan jasad Regto yang sekarat di lantai. Ia segera ditemukan di tempat kejadian oleh pihak berwenang dan didakwa dengan pembunuhan. Tak seorang pun percaya klaimnya bahwa ia tak bersalah, dan ia dilemparkan ke Abyss. Alih-alih mati, ia justru mendapati dirinya berada di tempat asing yang berbau busuk, dikelilingi monster-monster yang terbuat dari sampah.
Ketika Rudo diserang monster-monster tersebut, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang mengaku sebagai seorang “Cleaner”—seseorang yang menggunakan senjata khusus bernama Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk ini. Demi membalas dendam kepada pembunuh Regto, Rudo terpaksa menjadi seorang Cleaner untuk berjuang kembali dan keluar dari Abyss.
